2005年底南海神廟周邊環境整治過程中，考古專家在廟西南側發掘出明代古碼頭遺址，遺址由碼頭、道路、小橋構成，全長125米，東西寬5.5米，長條形的紅砂岩砌築而成，由南九游到北延申至浴日亭腳下。經專家考證，是目前廣州地區乃至珠江三角洲一帶保存最完整、規模最大的明代碼頭遺址。
廣州南海神廟是中國歷代皇帝祭海的地方，更是中國四大海神廟中唯一保存下來的規模最大、最完整的海神廟。始建於隋開皇十四年（公元594年）的南海神廟自隋唐以來，歷代皇帝都派官員到南海神廟舉行祭典，中外海船出入廣州按例都要到廟中祭拜南海神，祈求出入平九游安，一帆風順，是對外貿易交往的歷史見證和重要史跡，也是古代海上絲綢之路發祥地之一。同時，這裡也是古代觀望海上日出之地，是宋元時羊城八景的首景「扶胥浴日」之地。大量文人墨客在這裡留下了珍貴的碑刻，有「南方碑林」之稱。